Più interessante è la costruzione dell’odierna Chiesa. Agli inizi essa era di modestissime dimensioni. Il P. Francesco Miccichè che morì nel 1635 fece innalzare dalle fondamenta l’attuale chiesa « con sontuosissime fabbriche, che al solo vederle resta ognuno meravigliato ».
I lavori di abbellimento all’interno furono apportati dal padre Melchiorre Milazzo. Egli fece costruire volte che vennero abbellite di bianchi stucchi con pitture e arabeschi. A lui si deve la costruzione del magnifico coro lavorato di cipresso e noce. Si industriò pure per le tele dei vari altari. A lui si devono le sei statuette di alabastro di cui oggi solo una si vede collocata nel prospetto.

L’interesse architettonico della chiesa di S. Francesco d’Assisi è particolarmente concentrato nella straordinaria facciata che risale ai primi decenni del ‘600, sorprendente per l’impiego di un prorompente e sorprendente barocco, fra i più tipici della prima architettura siciliana.
L’intera facciata si articola su due ordini divisi dal cornicione. Di estremo interesse è la parte inferiore: è costituita dal grande portale fiancheggiato da coppie di cariatidi bizzarramente disposte, che compongono un risentito discorso plastico-chiaroscurale. Sopra il portale campeggia la nicchia dell’Immacolata. A destra e a sinistra inoltre si riscontrano altre due nicchie che assieme alle partiture verticali a paraste conferiscono vivacità e movimento a tutto l’insieme.
Al centro della parte superiore del prospetto si apre una finestra fiancheggiata da ricercate ornamentazioni, nelle parti esterne a sua volta sono due nicchie con rispettive statue comprese tra le paraste che idealmente continuano il discorso in verticale della parte inferiore. Un orologio sormonta l’intera facciata concludendo in modo armonioso ed originale tutto il discorso del prospetto principale. Le decorazioni plastiche, l’insieme di linee verticali interrotte dai due cornicioni posti a conclusione dei due ordini, fanno di questa chiesa un tipico capolavoro del barocco.
L’interno è assai elegante e pieno di sobria vivacità. L’insieme è intonacato con stucchi ed affreschi che scandiscono le superfici secondo una duplice partitura verticale fino alla volta. Questi stucchi sono opera di Francesco Santalucia e di suo figlio Salvatore. Fu indorata dal P. Clemente da Bivona, religioso dello stesso convento.
Gli affreschi della volta sono opera del pennello di Domenico Provenzani di Palma Montechiaro. Furono eseguiti nel 1780. Gli affreschi sono cinque: uno grande centrale, due di media grandezza, e due piccoli, di forma ellissoidale. In questi ultimi, degli angioletti sostengono delle fasce con scritte diverse. Nel primo degli affreschi di media grandezza l’artista dipinse Gesù Cristo che porta sulle spalle la croce, aiutato da un puttino. In alto si ha un cielo luminoso che contrasta col grigio plumbeo della parte inferiore, dove stanno Adamo ed Eva sotto l’albero del male, avvinghiati dal serpe.
Nel secondo affresco di media grandezza stanno, ripresi in primo piano, a sinistra S. Giovanni Battista e a destra S. Giuseppe. Nella parte centrale vi è Maria SS. Immacolata che calpesta col piede il serpente. In alto l’Eterno Padre attorniato da angeli conclude la composizione di questo affresco.
Imponente è l’affresco centrale. In basso Adamo ed Eva sono vicini al drago che viene cacciato dall’Arcangelo Michele. In alto invece, la Madonna viene incoronata dal Padre Eterno. Numerosi angeli disposti con fantasia popolano l’immensa volta dove nel centro sta un Santo barbuto che contempla estasiato il trionfo di Maria Immacolata. L’impostazione del tema e le figure richiamano Vito D’Anna, maestro del Provenzani.
Nella chiesa sono custodite diverse tele di buon livello. In fondo all’abside è situato il grande quadro raffigurante lo Sposalizio della Vergine, dipinto a Roma nel 1780 da Giuseppe Mazzarese da Trapani.
L’opera è un dipinto ad olio su tela. La paternità del dipinto è attestata dall’iscrizione situata in basso a destra che recita: “Joseph Mazzarese Drepanita Pinxit Rome 1786”.
Lo sposalizio si svolge in primo piano con Maria a sinistra, Giuseppe a destra e al centro il sacerdote che officia la funzione, il quale tiene il braccio della sposa e poggia l’altra mano sulla spalla di Giuseppe, in segno di unione.
Il fondo è piuttosto scuro e l’unica fonte di luce è la colomba dello Spirito Santo da cui si diparte un raggio di luce diretto alla Vergine.
Ella, com’è tipico dell’iconografia, è vestita da manto blu e veste rosa. Il capo è incorniciato da una sorta di velo dorato che si intona bene con l’aura di luce che le incorniciata il capo, in segno di santità.
Il san Giuseppe è ritratto, tipicamente, molto più anziano rispetto alla Madonna, con manto dorato, morbido, ricco di chiaroscuri e veste celeste.
Alla spalle dei tre soggetti si scorgono dei personaggi, una donna dietro Maria e tre uomini dietro Giuseppe, come da iconografia tradizionale.
Le altre pale d’altare raffigurano: un Crocifisso, copia di una tela esistente a Malta, eseguita nel 1751; nell’altare di fronte invece è collocata la stupenda pala di altare raffigurante l’Immacolata, opera di eccezionale bellezza dovuta al pennello di Vito D’Anna.
Le altre quattro pale di altare sono invece del pittore cappuccino Fra Felice da Sambuca. Raffigurano S. Antonio, S. Calogero, S. Francesco che riceve le stimmate, il Salvatore con S. Lorenzo e S. Bartolomeo.

Due piccole tele poste ai lati dell’altare, raffiguranti “la buona morte” e “la mala morte”, sono opere di Eugenio Regalbuto del 1825 come si evince dalla firma accanto a S. Michele Arcangelo.
Nella chiesa si ammira un maestoso altare al centro del presbiterio, in legno. Fu scolpito nel 1899 da Gaetano Vinci, « per opera e zelo del Padre Maestro Alfonso Tesè » così come testimoniato dall’iscrizione posta sul retro dello stesso altare. L’opera porta scolpiti i quattro evangelisti e, sotto la mensola dell’altare, la Cena con gli Apostoli disposti a semicerchio e con alcuni simboli della passione del Cristo.
A P. Milazzo si deve la bellissima e famosa statua dell’Immacolata. E’ di grandezza naturale, tutta rivestita di argento, con uno stellario in argento e pietre preziose. La splendida scultura riproduce la SS. Vergine in atteggiamento devoto. Ha le mani giunte sul petto e il volto atteggiato in una dolcissima espressione.
Per concorde tradizione è attribuita ad orefici di Malta. Tale tradizione è confortata non solo dal carattere dell’opera sontuosa con elementi del barocchetto internazionale, ma anche dal fatto che il P. Milazzo, apprezzato maestro di teologia, fu reggente a Palermo e anche a Malta.
A P. Melchiorre Milazzo si deve anche l’artistica sagrestia, alla quale si accede dalla porta al centro dell’abside. Egli addirittura la fece costruire due volte. Infatti come narra Fra Saverio « Nell’anno 1686 il sopradetto Guardiano fece erigere da fondamento la presente sacristia, ove vi era piantato un albero di ulivo, ornandola con sontuoso cassarizio di noce con trenta statuette, lavorato da tre maestri trapanesi e due naritani; come pure l’arricchì di preziosi paramenti per l’uso sacro; ma caso fatale nell’anno 1707 dal fuoco devoratore tutto fu consumato colla perdita di onze 1.242. Nè per questo accidente si arrestò il benefico Padre, anzipiù fe’ vedere la sua magnanimità con ornarla di belnuovo di superbo cassarizzo, come al presente si vede, nell’anno 1721 ».
La sagrestia di San Francesco è uno degli ambienti più deliziosi e caratteristici del ‘700.
I magnifici affreschi furono eseguiti da Giuseppe Cortese da Venezia e raffigurano i quattro evangelisti in una ingegnosa disposizione arricchita di angeli e simboli.
Un aspetto superbo acquista la sagrestia per i sontuosi armadi in noce che ricoprono le pareti. Seguendo una armoniosa impostazione geometrica i preziosi armadi lignei si presentano lavorati con accuratezza. Fini ed estrosi sono gli intagli. Numerose le figure sparse in diverse zone con sapiente collocazione. In genere sono angeli che sostengono dei medaglioni con scene del Vangelo oppure dei mezzobusti di santi e di papi. Particolare risalto è conferito ai portali che impreziosiscono le aperture verso l’esterno. Di particolare effetto è il portale che immette in chiesa. Curatissimo negli intagli, con ricco gioco di figure e di foglie che rendono maggiormente armoniose le strutture architettoniche. Pieni di movimento e di stupore gli angeli alati posti a mezza altezza, a destra e a sinistra. Ben adattata è la pittura del Cristo deposto, collocata sopra la porta.
Un angolo suggestivo è costituito dal lavabo in marmo nero, con statue in alabastro di elegante disegno. In una vivace composizione, caratterizzata dalla ricercatezza dell’inventiva, fa spicco la candida immagine di San Francesco che riceve le stimmate.
L’opera si può suddividere in tre fasce: superiore, centrale ed inferiore.
Nella parte superiore vi è un cartiglio sul quale si riporta la seguente iscrizione:” MUNDAMINI QUI PERITIS VASA….. ISA: v C S”. Sul cartiglio in marmo vi è appoggiato un puttino ligneo coevo agli arredi.
La parte centrale è costituita da una cornice ricca di volute con un festone al centro, a forma di ellisse, che racchiude la scena raffigurata, ossia san Francesco che riceve le stimmate da un angelo in volo.
La parte inferiore è costituita dal lavabo a forma di conchiglia, realizzato con un materiale lapideo probabilmente diverso dal resto della composizione, esso ha tonalità molto simile al legno di noce degli armadi lignei, ciò crea una maggiore fusione tra gli arredi e il lavabo.
La base, decorata sempre a volute, ha al centro un puttino con le braccia in alto in segno di sostegno del lavabo. Probabilmente non è coevo al resto della composizione viste le dimensioni superiori ai due soggetti principali e visto il materiale probabilmente differente.
Il gusto dell’opera in esame è sicuramente tardo baracco, visto l’utilizzo di curve, festoni, motivi floreali e la forma della conchiglia per il lavabo, tutti elementi tipici dell’epoca.
Anche nei personaggi è evidente il gusto tardo barocco; innanzitutto a causa della loro disposizione ma soprattutto dato dai ricchi ma morbidi panneggi.